Kể từ năm 2003, sông Đáy cùng phụ lưu sông Nhuệ bị ô nhiễm nhiều vì nước thải không được khử biến khiến hai dòng sông này bị coi là "sông chết". Năm 2007 chính phủ Việt Nam cho xây công trình đầu mối sông Đáy đưa nước từ sông Hồng ở cống Hiệp Thuận qua hệ thống kênh dài 12 km vào sông Đáy ở cống Cẩm Đinh với kỳ vọng làm sống lại dòng sông Đáy và sẽ tạo thành một điểm du lịch trên sông trong tương lai.[4]